和京通二仓还有部分属于顺天府管辖不一样,水次仓就完全是漕运管辖了,地方上是无权过问的,便是户部虽然能过问,但是主管仍然是漕运总督和巡漕御史,也就是漕运衙门,户部并不能直接管辖,只要漕运每年能保证运到京通二仓的粮食保质保量到位,那么其他事务都是漕运衙门管辖,户部并无权直接插手。